A Clínica de Todos os Santos deve o seu nome à intenção de recordar no nosso tempo e na cidade de Lisboa, o nome do célebre Hospital Real de Todos os Santos, que foi na sua época, pelas suascaracterísticas e pela sua organização, o primeiro no nosso pais, e um dos mais importantes da Europa. 

Mandado construir no final do SEC. XV por D. João II no local onde se situa a Praça da Figueira, e inaugurado no reinado de D. Manuel I, tornou-se conhecido pelo papel que desempenhou no campo que desempenhou no campo da assistência e do ensino, e cedo se evidenciou como um dos mais notáveis entre os seus congéneres europeus de então, tanto pelo seu pioneirismo no tratamento de certas doenças contagiosas. 

Nele se criou a primeira escola de Anatomia e Cirurgia do País, a qual vinha a ser mais tarde a primeira Escola Médico-cirúrgica e a futura Faculdade de Medicina de Lisboa.

Parcialmente arruinado por um incêndio que deflagrou numa das enfermarias (1750) ficaria definitivamente posta de parte a sua recuperação com o terramoto de 1755. Reabriu posteriormente em local próximo, uma vez que todo o seu corpo clínico e auxiliar para ai foram transferidos, juntamente com os doentes, com o nome de "Hospital de S. José", que viria a ser o núcleo inicial dos "Hospitais Civis de Lisboa".